Після утворення тромбозу його структура змінюється під дією фібринолітичної системи та шоку кровотоку й регенерації організму.

Існує 3 основні типи остаточних змін тромбу:

1. Розм'якшити, розчинити, поглинути

Після утворення тромбу фібрин у ньому поглинає велику кількість плазміну, внаслідок чого фібрин у тромбі перетворюється на розчинний поліпептид і розчиняється, а тромб розм'якшується. Водночас, оскільки нейтрофіли в тромбі руйнуються та вивільняють протеолітичні ферменти, тромб також може розчинитися та розм'якшитися.

Невеликий тромб розчиняється та розріджується, і може бути повністю абсорбований або змитий кровотоком, не залишаючи слідів.

Більша частина тромбу розм’якшується та легко відпадає під дією крові, утворюючи ембол. Емболи блокують відповідну кровоносну судину з потоком крові, що може спричинити емболію, тоді як решта тромбу організовується.

2. Механізація та реканалізація

Більші тромби нелегко розчинити та повністю розсмоктати. Зазвичай, протягом 2-3 днів після утворення тромбу, грануляційна тканина виростає з пошкодженої судинної інтими, де прикріплений тромб, і поступово заміщує тромб, що називається організацією тромбу.
Коли тромб організований, він стискається або частково розчиняється, і всередині тромбу або між тромбом і стінкою судини часто утворюється тріщина, поверхня якої покривається проліферуючими судинними ендотеліальними клітинами, і нарешті утворюється одна або кілька дрібних кровоносних судин, які сполучаються з початковою кровоносною судиною. Реканалізація кровотоку називається реканалізацією тромбу.

3. Кальцинація

Невелика кількість тромбів, які не можуть бути повністю розчинені або організовані, може осідати та кальцифікуватися солями кальцію, утворюючи тверді камені, що існують у кровоносних судинах, які називаються флеболітами або артеріолітами.