หลังจากเกิดลิ่มเลือดแล้ว โครงสร้างของลิ่มเลือดจะเปลี่ยนแปลงไปภายใต้การทำงานของระบบสลายไฟบริน การเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันจากการไหลเวียนของเลือด และการสร้างเซลล์ใหม่ของร่างกาย

การเปลี่ยนแปลงขั้นสุดท้ายของลิ่มเลือดมี 3 ประเภทหลัก ได้แก่:

1. ทำให้อ่อนนุ่ม ละลาย ดูดซึม

หลังจากเกิดลิ่มเลือดแล้ว ไฟบรินในลิ่มเลือดจะดูดซับพลาสมินในปริมาณมาก ทำให้ไฟบรินในลิ่มเลือดกลายเป็นพอลิเปปไทด์ที่ละลายได้และสลายไป ส่งผลให้ลิ่มเลือดอ่อนตัวลง ในขณะเดียวกัน เนื่องจากนิวโทรฟิลในลิ่มเลือดสลายตัวและปล่อยเอนไซม์ย่อยโปรตีนออกมา ลิ่มเลือดจึงสามารถสลายตัวและอ่อนตัวลงได้เช่นกัน

ลิ่มเลือดขนาดเล็กจะสลายตัวและกลายเป็นของเหลว และสามารถถูกดูดซึมหรือถูกชะล้างออกไปโดยกระแสเลือดได้อย่างสมบูรณ์โดยไม่ทิ้งร่องรอยใดๆ

ลิ่มเลือดส่วนใหญ่จะอ่อนตัวลงและหลุดออกได้ง่ายตามกระแสเลือดกลายเป็นก้อนอุดตัน ก้อนอุดตันเหล่านี้จะไปอุดกั้นหลอดเลือดที่เกี่ยวข้อง ทำให้เกิดภาวะอุดตันในหลอดเลือด ในขณะที่ส่วนที่เหลือจะแข็งตัว

2. การใช้เครื่องจักรและการเปิดทางเดินเลือดใหม่

ลิ่มเลือดขนาดใหญ่จะสลายตัวและดูดซึมได้ไม่หมดโดยง่าย โดยปกติภายใน 2-3 วันหลังจากเกิดลิ่มเลือด เนื้อเยื่อเม็ดเล็กจะเจริญเติบโตจากเยื่อบุชั้นในของหลอดเลือดที่เสียหายบริเวณที่ลิ่มเลือดเกาะอยู่ และค่อยๆ เข้ามาแทนที่ลิ่มเลือด ซึ่งเรียกว่าการจัดระเบียบลิ่มเลือด
เมื่อลิ่มเลือดก่อตัวขึ้น ลิ่มเลือดจะหดตัวหรือสลายไปบางส่วน และมักจะเกิดรอยแตกภายในลิ่มเลือดหรือระหว่างลิ่มเลือดกับผนังหลอดเลือด และพื้นผิวจะถูกปกคลุมด้วยเซลล์บุผนังหลอดเลือดที่เพิ่มจำนวนขึ้น และในที่สุดก็จะเกิดหลอดเลือดขนาดเล็กหนึ่งหรือหลายเส้นที่เชื่อมต่อกับหลอดเลือดเดิม การเปิดทางเดินของเลือดอีกครั้งนี้เรียกว่าการเปิดทางเดินของลิ่มเลือดอีกครั้ง

3. การเกิดหินปูน

ลิ่มเลือดจำนวนเล็กน้อยที่ไม่สามารถละลายหรือสลายตัวได้อย่างสมบูรณ์ อาจตกตะกอนและเกิดการสะสมแคลเซียม กลายเป็นหินแข็งที่อยู่ในหลอดเลือด เรียกว่า ฟเลโบลิธ หรือ อาร์เทอริโอลิธ