Tromboz oluştuktan sonra, fibrinolitik sistemin etkisi ve kan akışı şoku ile vücudun yenilenmesi sonucunda yapısı değişir.

Trombuslarda meydana gelen son değişikliklerin 3 ana türü vardır:

1. Yumuşatmak, çözmek, emmek

Trombus oluştuktan sonra, içindeki fibrin büyük miktarda plazmini emer, böylece trombustaki fibrin çözünür bir polipeptit haline gelir ve çözünür, böylece trombus yumuşar. Aynı zamanda, trombustaki nötrofiller parçalanıp proteolitik enzimler salgıladığı için, trombus da çözülüp yumuşayabilir.

Küçük trombüs çözünür ve sıvılaşır, iz bırakmadan tamamen emilebilir veya kan dolaşımıyla uzaklaştırılabilir.

Trombusun büyük kısmı yumuşar ve kan akışı ile kolayca koparak emboli haline gelir. Emboliler, kan akışı olan ilgili kan damarını tıkayarak emboliye neden olabilirken, geri kalan kısmı ise organize halde kalır.

2. Mekanizasyon ve Rekanalizasyon

Daha büyük trombüslerin tamamen çözülmesi ve emilmesi kolay değildir. Genellikle, trombüs oluşumundan sonraki 2 ila 3 gün içinde, trombüsün yapıştığı hasarlı damar iç yüzeyinden granülasyon dokusu oluşur ve yavaş yavaş trombüsün yerini alır; bu olaya trombüs organizasyonu denir.
Trombus organize olduğunda, trombus küçülür veya kısmen çözülür ve genellikle trombusun içinde veya trombus ile damar duvarı arasında bir çatlak oluşur; bu çatlak yüzeyi çoğalan vasküler endotel hücreleri ile kaplanır ve son olarak orijinal kan damarıyla bağlantılı bir veya birkaç küçük kan damarı oluşur. Kan akışının yeniden açılmasına trombusun yeniden açılması denir.

3. Kalsifikasyon

Tamamen çözülemeyen veya organize olamayan az sayıda trombüs, kalsiyum tuzları tarafından çökeltilerek kalsifiye edilebilir ve kan damarlarında bulunan, flebolit veya arteriyolit olarak adlandırılan sert taşlar oluşturabilir.