Након формирања тромбозе, њена структура се мења под дејством фибринолитичког система и шока протока крви и регенерације организма.

Постоје 3 главне врсте коначних промена у тромбу:

1. Омекшати, растворити, апсорбовати

Након што се тромб формира, фибрин у њему апсорбује велику количину плазмина, тако да фибрин у тромбу постаје растворљиви полипептид и раствара се, а тромб омекшава. Истовремено, пошто се неутрофили у тромбу распадају и ослобађају протеолитичке ензиме, тромб се такође може растворити и омекшати.

Мали тромб се раствара и утечњава, и може се потпуно апсорбовати или испрати крвотоком без остављања трага.

Већи део тромба је омекшан и лако отпада протоком крви, стварајући емболус. Емболи блокирају одговарајући крвни суд са протоком крви, што може изазвати емболију, док је преостали део организован.

2. Механизација и реканализација

Већи тромби се не растварају лако и не апсорбују у потпуности. Обично, у року од 2 до 3 дана након формирања тромба, гранулационо ткиво расте из оштећене васкуларне интиме где је тромб причвршћен и постепено замењује тромб, што се назива организација тромба.
Када се тромб организује, тромб се скупља или делимично раствара, а често се формира пукотина унутар тромба или између тромба и зида крвног суда, а површина је прекривена пролиферирајућим васкуларним ендотелним ћелијама, и коначно се формира један или више малих крвних судова који комуницирају са оригиналним крвним судом. Реканализација протока крви назива се реканализација тромба.

3. Калцификација

Мали број тромба који се не могу потпуно растворити или организовати могу се исталожити и калцификовати калцијумовим солима, формирајући тврде каменце који постоје у крвним судовима, назване флеболити или артериолити.