Po nastanku tromboze se njena struktura spremeni pod vplivom fibrinolitičnega sistema in šoka krvnega pretoka ter regeneracije telesa.

Obstajajo 3 glavne vrste končnih sprememb v trombu:

1. Zmehča, raztopi, vpije

Ko se trombus oblikuje, fibrin v njem absorbira veliko količino plazmina, tako da fibrin v trombu postane topen polipeptid in se raztopi, trombus pa se zmehča. Hkrati se lahko zaradi razgradnje nevtrofilcev v trombu in sproščanja proteolitičnih encimov raztopi in zmehča tudi trombus.

Majhen trombus se raztopi in utekočini ter ga lahko krvni obtok popolnoma absorbira ali izpere brez sledi.

Večji del tromba se zmehča in zaradi pretoka krvi zlahka odpade ter se spremeni v embolus. Emboli blokirajo ustrezno krvno žilo s pretokom krvi, kar lahko povzroči embolijo, preostali del pa se organizira.

2. Mehanizacija in rekanalizacija

Večjih trombov ni lahko raztopiti in popolnoma absorbirati. Običajno v 2 do 3 dneh po nastanku tromba iz poškodovane žilne intime, kjer je trombus pritrjen, zraste granulacijsko tkivo, ki ga postopoma nadomesti, kar imenujemo organizacija tromba.
Ko se trombus organizira, se skrči ali delno raztopi, v notranjosti tromba ali med trombom in steno žile pa se pogosto oblikuje razpoka, površino pa prekrijejo proliferirajoče žilne endotelijske celice, na koncu pa se oblikuje ena ali več majhnih krvnih žil, ki komunicirajo s prvotno krvno žilo. Rekanalizacija krvnega pretoka se imenuje rekanalizacija tromba.

3. Kalcifikacija

Majhno število trombov, ki jih ni mogoče popolnoma raztopiti ali organizirati, se lahko obori in kalcificira zaradi kalcijevih soli, pri čemer v krvnih žilah nastanejo trdi kamni, imenovani fleboliti ali arterioliti.