Po vytvorení trombózy sa jej štruktúra mení pôsobením fibrinolytického systému a šoku prietoku krvi a regenerácie tela.

Existujú 3 hlavné typy konečných zmien trombu:

1. Zmäkčiť, rozpustiť, absorbovať

Po vytvorení trombu fibrín v ňom absorbuje veľké množstvo plazmínu, takže fibrín v trombe sa stáva rozpustným polypeptidom a rozpúšťa sa, čím trombus zmäkčuje. Zároveň, pretože neutrofily v trombe sa rozpadajú a uvoľňujú proteolytické enzýmy, trombus sa môže tiež rozpustiť a zmäkčiť.

Malý trombus sa rozpustí a skvapalní a môže byť úplne absorbovaný alebo vyplavený krvným obehom bez zanechania stopy.

Väčšia časť trombu zmäkne a prúdením krvi ľahko odpadne, čím sa vytvorí embólia. Emboly blokujú príslušnú cievu prúdiacu krvou, čo môže spôsobiť embóliu, zatiaľ čo zvyšná časť sa zorganizuje.

2. Mechanizácia a rekanalizácia

Väčšie tromby sa nerozpúšťajú a úplne nevstrebávajú. Zvyčajne do 2 až 3 dní po vytvorení trombu vyrastie z poškodenej cievnej intimy, kde je trombus pripojený, granulačné tkanivo a postupne ho nahradí, čo sa nazýva organizácia trombu.
Keď sa trombus zorganizuje, zmrští sa alebo čiastočne rozpustí a vo vnútri trombu alebo medzi trombom a stenou cievy sa často vytvorí trhlina, ktorej povrch je pokrytý proliferujúcimi cievnymi endotelovými bunkami a nakoniec sa vytvorí jedna alebo niekoľko malých krvných ciev, ktoré komunikujú s pôvodnou krvnou cievou. Rekanalizácia prietoku krvi sa nazýva rekanalizácia trombu.

3. Kalcifikácia

Malé množstvo trombov, ktoré sa nedajú úplne rozpustiť alebo usporiadať, sa môže vyzrážať a kalcifikovať vápenatými soľami, čím sa v cievach vytvoria tvrdé kamene nazývané flebolity alebo arteriolity.