După formarea trombozei, structura acesteia se modifică sub acțiunea sistemului fibrinolitic, a șocului circulator și a regenerării organismului.

Există 3 tipuri principale de modificări finale ale unui tromb:

1. A înmuia, a dizolva, a absorbi

După formarea trombului, fibrina din acesta absoarbe o cantitate mare de plasmină, astfel încât fibrina din tromb devine un polipeptid solubil și se dizolvă, iar trombul se înmoaie. În același timp, deoarece neutrofilele din tromb se dezintegrează și eliberează enzime proteolitice, și trombul se poate dizolva și înmuia.

Micul tromb se dizolvă și se lichefiază și poate fi complet absorbit sau spălat de fluxul sanguin fără a lăsa urme.

Cea mai mare parte a trombului este înmuiată și se desprinde ușor sub influența fluxului sanguin, devenind un embol. Embolii blochează vasul de sânge corespunzător prin fluxul sanguin, ceea ce poate provoca embolie, în timp ce partea rămasă este organizată.

2. Mecanizare și Recanalizare

Trombii mai mari nu se dizolvă și nu se absorb complet ușor. De obicei, în decurs de 2-3 zile de la formarea trombului, țesutul de granulație crește din intima vasculară deteriorată, unde este atașat trombusul, și îl înlocuiește treptat, ceea ce se numește organizarea trombului.
Când trombul este organizat, acesta se contractă sau se dizolvă parțial, formându-se adesea o fisură în interiorul trombului sau între tromb și peretele vasului, iar suprafața este acoperită de celule endoteliale vasculare în proliferare, iar în final se formează unul sau mai multe vase de sânge mici care comunică cu vasul de sânge original. Recanalizarea fluxului sanguin se numește recanalizarea trombului.

3. Calcificare

Un număr mic de trombi care nu pot fi complet dizolvați sau organizați pot fi precipitați și calcificați de sărurile de calciu, formând calculi duri existenți în vasele de sânge, numiți fleboliți sau arterioliți.