Após a formação do trombo, sua estrutura se altera sob a ação do sistema fibrinolítico, do choque do fluxo sanguíneo e da regeneração do organismo.

Existem 3 tipos principais de alterações finais em um trombo:

1. Amolecer, dissolver, absorver

Após a formação do trombo, a fibrina presente nele absorve uma grande quantidade de plasmina, transformando-se em um polipeptídeo solúvel que se dissolve e amolece o trombo. Simultaneamente, a desintegração e a liberação de enzimas proteolíticas pelos neutrófilos presentes no trombo contribuem para sua dissolução e amolecimento.

O pequeno trombo se dissolve e se liquefaz, podendo ser completamente absorvido ou eliminado pela corrente sanguínea sem deixar vestígios.

A maior parte do trombo amolece e se desprende facilmente com o fluxo sanguíneo, transformando-se em um êmbolo. Os êmbolos bloqueiam o vaso sanguíneo correspondente, obstruindo-o e causando uma embolia, enquanto a parte restante permanece organizada.

2. Mecanização e Recanalização

Trombos maiores não são fáceis de dissolver e absorver completamente. Normalmente, dentro de 2 a 3 dias após a formação do trombo, o tecido de granulação cresce a partir da íntima vascular danificada onde o trombo está aderido e gradualmente o substitui, processo chamado de organização do trombo.
Quando o trombo se organiza, ele encolhe ou se dissolve parcialmente, e uma fissura geralmente se forma dentro do trombo ou entre o trombo e a parede do vaso. A superfície dessa fissura é coberta por células endoteliais vasculares em proliferação, e finalmente um ou mais pequenos vasos sanguíneos se formam, comunicando-se com o vaso sanguíneo original. A recanalização do fluxo sanguíneo é chamada de recanalização do trombo.

3. Calcificação

Um pequeno número de trombos que não podem ser completamente dissolvidos ou organizados pode precipitar e calcificar-se por sais de cálcio, formando cálculos duros presentes nos vasos sanguíneos, chamados flebólitos ou arteríolos.