Po wytworzeniu się zakrzepu jego struktura ulega zmianie pod wpływem działania układu fibrynolitycznego, wstrząsu naczyniowo-krwionośnego i regeneracji organizmu.

Istnieją 3 główne rodzaje ostatecznych zmian w zakrzepie:

1. Zmiękczyć, rozpuścić, wchłonąć

Po utworzeniu skrzepu, fibryna w nim zawarta absorbuje dużą ilość plazminy, przez co fibryna w skrzepie przekształca się w rozpuszczalny polipeptyd i rozpuszcza się, a skrzep zmiękcza. Jednocześnie, ponieważ neutrofile w skrzepie rozpadają się i uwalniają enzymy proteolityczne, skrzep również może ulec rozpuszczeniu i zmiękczeniu.

Mały skrzep rozpuszcza się i upłynnia, a następnie może zostać całkowicie wchłonięty lub wypłukany przez krew bez pozostawienia śladu.

Większa część skrzepu ulega rozmiękczeniu i łatwo odpada pod wpływem przepływu krwi, tworząc zator. Zatory blokują odpowiednie naczynie krwionośne, co może prowadzić do zatoru, podczas gdy pozostała część ulega uporządkowaniu.

2. Mechanizacja i rekanalizacja

Większe skrzepy nie rozpuszczają się łatwo i nie wchłaniają całkowicie. Zazwyczaj w ciągu 2 do 3 dni od powstania skrzepu, z uszkodzonej błony wewnętrznej naczynia, w której znajduje się skrzep, wyrasta tkanka ziarninowa, która stopniowo zastępuje skrzep, co nazywa się organizacją skrzepu.
Po utworzeniu się skrzepu, skrzeplina kurczy się lub częściowo rozpuszcza, a wewnątrz skrzepu lub między skrzepliną a ścianą naczynia często tworzy się szczelina, której powierzchnia pokrywa się proliferującymi komórkami śródbłonka naczyniowego, a na końcu tworzy się jedno lub kilka małych naczyń krwionośnych, które komunikują się z naczyniem pierwotnym. Rekanalizacja przepływu krwi nazywana jest rekanalizacją skrzepu.

3. Wapnienie

Niewielka liczba zakrzepów, których nie można całkowicie rozpuścić ani uporządkować, może zostać wytrącona i zwapniona przez sole wapnia, tworząc w naczyniach krwionośnych twarde kamienie zwane flebolitami lub arteriolitami.