Etter at trombose dannes, endres strukturen under påvirkning av det fibrinolytiske systemet og blodstrømmen, sjokk og regenerering av kroppen.

Det finnes tre hovedtyper av endelige endringer i en trombe:

1. Mykgjør, oppløs, absorber

Etter at tromben er dannet, absorberer fibrinet i den en stor mengde plasmin, slik at fibrinet i tromben blir et løselig polypeptid og oppløses, og tromben mykner. Samtidig, fordi nøytrofilene i tromben går i oppløsning og frigjør proteolytiske enzymer, kan tromben også oppløses og myknes.

Den lille tromben løses opp og blir til væske, og kan absorberes fullstendig eller vaskes bort av blodet uten å etterlate spor.

Den største delen av tromben mykner opp og faller lett av blodstrømmen og blir til en emboli. Emboliene blokkerer det tilsvarende blodkaret med blodstrømmen, noe som kan forårsake emboli, mens den resterende delen er organisert.

2. Mekanisering og rekanalisering

Større tromber er ikke lette å oppløse og absorbere fullstendig. Vanligvis vokser granulasjonsvev fra den skadede vaskulære intimaen der tromben er festet innen 2 til 3 dager etter trombedannelse, og erstatter gradvis tromben, noe som kalles trombeorganisering.
Når tromben er organisert, krymper tromben eller løses den delvis opp, og det dannes ofte en sprekk inne i tromben eller mellom tromben og karveggen, og overflaten dekkes av prolifererende vaskulære endotelceller, og til slutt dannes ett eller flere små blodkar som kommuniserer med det opprinnelige blodkaret. Rekanalisering av blodstrømmen kalles rekanalisering av tromben.

3. Forkalkning

Et lite antall tromber som ikke kan oppløses eller organiseres fullstendig, kan utfelles og forkalkes av kalsiumsalter, og danne harde steiner som finnes i blodårene, kalt flebolitter eller arteriolitter.