לאחר היווצרות פקקת, המבנה שלה משתנה תחת פעולת המערכת הפיברינוליטית, הלם זרימת הדם והתחדשות הגוף.

ישנם 3 סוגים עיקריים של שינויים סופיים בפקקת:

1. לרכך, להמיס, לספוג

לאחר היווצרות הפקקת, הפיברין שבו סופג כמות גדולה של פלסמין, כך שהפיברין בפקקת הופך לפוליפפטיד מסיס ומתמוסס, והפקקת מתרככת. במקביל, מכיוון שהנויטרופילים בפקקת מתפרקים ומשחררים אנזימים פרוטאוליטיים, גם הפקקת יכולה להתמוסס ולהתרכך.

הטרומבוס הקטן מתמוסס ומתנזל, ויכול להיספג לחלוטין או להישטף על ידי זרם הדם מבלי להשאיר עקבות.

החלק הגדול יותר של הפקקת מתרכך ונופל בקלות על ידי זרימת הדם והופך לתסחיף. התסחיפים חוסמים את כלי הדם המתאים עם זרימת הדם, מה שעלול לגרום לתסחיף, בעוד שהחלק הנותר מאורגן.

2. מיכון ותיעול מחדש

תרומבוסים גדולים יותר אינם קלים להמסה ונספגים לחלוטין. בדרך כלל, תוך יומיים עד שלושה ימים לאחר היווצרות התרומבוס, רקמת גרנולציה צומחת מהאינטימה של כלי הדם הפגועה שאליה התרומבוס מחובר, ומחליפה בהדרגה את התרומבוס, מה שנקרא ארגון תרומבוס.
כאשר הפקיק מאורגן, הוא מתכווץ או מתמוסס חלקית, ולעתים קרובות נוצר סדק בתוך הפקיק או בין הפקיק לדופן כלי הדם, והמשטח מכוסה בתאי אנדותל כלי דם מתרבים, ולבסוף נוצר כלי דם קטן אחד או יותר המתקשרים עם כלי הדם המקורי. תיעול מחדש של זרימת הדם נקרא תיעול מחדש של הפקיק.

3. הסתיידות

מספר קטן של טרומבי שלא ניתן להמיס או לארגן לחלוטין עלול להיווצר ולהסתייד על ידי מלחי סידן, וליצור אבנים קשות הקיימות בכלי הדם, הנקראות פלבוליתים או עורקיוליטים.