Setelah trombosis terbentuk, strukturnya berubah di bawah aksi sistem fibrinolitik dan guncangan aliran darah serta regenerasi tubuh.

Ada 3 jenis perubahan akhir utama pada trombus:

1. Melembutkan, melarutkan, menyerap

Setelah trombus terbentuk, fibrin di dalamnya menyerap sejumlah besar plasmin, sehingga fibrin dalam trombus menjadi polipeptida yang larut dan terurai, dan trombus melunak. Pada saat yang sama, karena neutrofil dalam trombus hancur dan melepaskan enzim proteolitik, trombus juga dapat larut dan melunak.

Gumpalan darah kecil tersebut larut dan mencair, dan dapat sepenuhnya diserap atau terbuang oleh aliran darah tanpa meninggalkan jejak.

Sebagian besar trombus melunak dan mudah terlepas oleh aliran darah sehingga menjadi embolus. Emboli tersebut menyumbat pembuluh darah yang bersangkutan dengan aliran darah, yang dapat menyebabkan emboli, sementara bagian yang tersisa terorganisasi.

2. Mekanisasi dan Rekanalisasi

Trombus yang lebih besar tidak mudah larut dan terserap sepenuhnya. Biasanya, dalam waktu 2 hingga 3 hari setelah pembentukan trombus, jaringan granulasi tumbuh dari intima vaskular yang rusak tempat trombus menempel, dan secara bertahap menggantikan trombus, yang disebut organisasi trombus.
Ketika trombus terorganisasi, trombus menyusut atau sebagian larut, dan seringkali terbentuk celah di dalam trombus atau antara trombus dan dinding pembuluh darah, dan permukaannya ditutupi oleh sel-sel endotel vaskular yang berproliferasi, dan akhirnya terbentuk satu atau beberapa pembuluh darah kecil yang berhubungan dengan pembuluh darah asli. Rekanalisasi aliran darah disebut rekanalisasi trombus.

3. Kalsifikasi

Sejumlah kecil trombus yang tidak dapat larut atau tersusun sepenuhnya dapat mengendap dan mengalami kalsifikasi oleh garam kalsium, membentuk batu keras yang terdapat di pembuluh darah, yang disebut flebolit atau arteriolit.