A trombózis kialakulása után szerkezete megváltozik a fibrinolitikus rendszer, a véráramlási sokk és a szervezet regenerációja hatására.

A trombusban bekövetkező végső változásoknak három fő típusa van:

1. Lágyít, old, felszív

A trombus kialakulása után a benne lévő fibrin nagy mennyiségű plazmint abszorbeál, így a trombusban lévő fibrin oldható polipeptiddé válik és feloldódik, a trombus pedig meglágyul. Ugyanakkor, mivel a trombusban lévő neutrofilek szétesnek és proteolitikus enzimeket szabadítanak fel, a trombus is feloldódhat és meglágyulhat.

A kis trombus feloldódik és cseppfolyósodik, és a véráram teljesen felszívódhat vagy nyom nélkül kimosódhat.

A trombus nagyobb része meglágyul, és a véráramlás könnyen leesik, embólust képezve. Az embólusok elzárják a megfelelő eret a véráramlással, ami embóliát okozhat, míg a fennmaradó rész összeszerelődik.

2. Gépesítés és rekanalizáció

A nagyobb trombusok nem könnyen oldódnak fel és szívódnak fel teljesen. Általában a trombus kialakulását követő 2-3 napon belül granulációs szövet nő a sérült érbelhártyából, ahol a trombus tapadt, és fokozatosan helyettesíti a trombust, ezt nevezzük trombus-organizációnak.
Amikor a trombus szerveződik, a trombus összezsugorodik vagy részben feloldódik, és gyakran repedés alakul ki a trombus belsejében, vagy a trombus és az érfal között, amelynek felszínét proliferáló érrendszeri endotélsejtek borítják, végül pedig egy vagy több apró ér alakul ki, amelyek összeköttetésben állnak az eredeti érrel. A véráramlás rekanalizációját a trombus rekanalizációjának nevezzük.

3. Meszesedés

Kis számú, teljesen feloldhatatlan vagy szervezett trombus kicsapódhat és kalciumsókká elmeszesedhet, kemény köveket képezve az erekben, amelyeket phlebolithoknak vagy arteriolithoknak neveznek.