Nakon što se tromboza formira, njezina struktura se mijenja pod djelovanjem fibrinolitičkog sustava i šoka protoka krvi te regeneracije tijela.

Postoje 3 glavne vrste konačnih promjena u trombu:

1. Omekšati, otopiti, upiti

Nakon što se tromb formira, fibrin u njemu apsorbira veliku količinu plazmina, tako da fibrin u trombu postaje topljivi polipeptid i otapa se, a tromb omekšava. Istovremeno, budući da se neutrofili u trombu raspadaju i oslobađaju proteolitičke enzime, tromb se također može otopiti i omekšati.

Mali tromb se otapa i ukapljuje te se može potpuno apsorbirati ili isprati krvotokom bez ostavljanja traga.

Veći dio tromba omekša i lako otpadne protokom krvi te postane embolus. Embolusi blokiraju odgovarajuću krvnu žilu protokom krvi, što može uzrokovati emboliju, dok se preostali dio organizira.

2. Mehanizacija i rekanalizacija

Veće trombe nije lako otopiti i potpuno apsorbirati. Obično, unutar 2 do 3 dana nakon stvaranja tromba, granulacijsko tkivo raste iz oštećene vaskularne intime gdje je tromb pričvršćen i postupno zamjenjuje tromb, što se naziva organizacija tromba.
Kada se tromb organizira, tromb se skuplja ili djelomično otapa, te se često unutar tromba ili između tromba i stijenke žile stvara pukotina, a površina je prekrivena proliferirajućim vaskularnim endotelnim stanicama, te se na kraju formira jedna ili nekoliko malih krvnih žila koje komuniciraju s izvornom krvnom žilom. Rekanalizacija protoka krvi naziva se rekanalizacija tromba.

3. Kalcifikacija

Mali broj tromba koji se ne mogu potpuno otopiti ili organizirati može se istaložiti i kalcificirati kalcijevim solima, tvoreći tvrde kamence u krvnim žilama, nazvane fleboliti ili arterioliti.