थ्रोम्बोसिस बनने के बाद, फाइब्रिनोलिटिक प्रणाली और रक्त प्रवाह के झटके और शरीर के पुनर्जनन की क्रिया के तहत इसकी संरचना में परिवर्तन होता है।

थ्रोम्बस में होने वाले अंतिम परिवर्तनों के 3 मुख्य प्रकार हैं:

1. नरम करना, घोलना, अवशोषित करना

थ्रोम्बस बनने के बाद, उसमें मौजूद फाइब्रिन प्लास्मिन की एक बड़ी मात्रा को अवशोषित कर लेता है, जिससे थ्रोम्बस में मौजूद फाइब्रिन एक घुलनशील पॉलीपेप्टाइड बन जाता है और घुल जाता है, और थ्रोम्बस नरम हो जाता है। साथ ही, थ्रोम्बस में मौजूद न्यूट्रोफिल विघटित होकर प्रोटियोलिटिक एंजाइम छोड़ते हैं, जिससे थ्रोम्बस घुल जाता है और नरम हो जाता है।

छोटा थक्का घुल जाता है और तरल हो जाता है, और बिना कोई निशान छोड़े पूरी तरह से अवशोषित हो सकता है या रक्तप्रवाह द्वारा बहकर दूर जा सकता है।

थ्रोम्बस का बड़ा हिस्सा नरम हो जाता है और रक्त प्रवाह के साथ आसानी से अलग होकर एम्बोलस बन जाता है। एम्बोलस संबंधित रक्त वाहिका को रक्त प्रवाह से अवरुद्ध कर देता है, जिससे एम्बोलिज्म हो सकता है, जबकि शेष भाग व्यवस्थित रहता है।

2. यंत्रीकरण और पुनर्मार्गीकरण

बड़े थक्के आसानी से घुलते और पूरी तरह अवशोषित नहीं होते। आमतौर पर, थक्का बनने के 2 से 3 दिनों के भीतर, क्षतिग्रस्त रक्त वाहिका की भीतरी परत से, जहाँ थक्का जुड़ा होता है, दानेदार ऊतक विकसित होता है और धीरे-धीरे थक्के की जगह ले लेता है, जिसे थक्का संगठन कहा जाता है।
जब थ्रोम्बस संगठित होता है, तो वह सिकुड़ जाता है या आंशिक रूप से घुल जाता है, और अक्सर थ्रोम्बस के अंदर या थ्रोम्बस और रक्त वाहिका की दीवार के बीच एक दरार बन जाती है। इस दरार की सतह पर संवहनी एंडोथेलियल कोशिकाएं फैल जाती हैं, और अंत में मूल रक्त वाहिका से जुड़ने वाली एक या कई छोटी रक्त वाहिकाएं बन जाती हैं। रक्त प्रवाह के पुनः खुलने को थ्रोम्बस का पुनः खुलना कहते हैं।

3. कैल्सीफिकेशन

कुछ ऐसे थक्के जो पूरी तरह से घुल या व्यवस्थित नहीं हो पाते, वे कैल्शियम लवणों द्वारा अवक्षेपित और कैल्सीफाइड हो सकते हैं, जिससे रक्त वाहिकाओं में कठोर पत्थर बन जाते हैं, जिन्हें फ्लेबोलिथ या आर्टेरियोलिथ कहा जाता है।