پس از تشکیل ترومبوز، ساختار آن تحت تأثیر سیستم فیبرینولیتیک و شوک جریان خون و بازسازی بدن تغییر می‌کند.

سه نوع اصلی از تغییرات نهایی در ترومبوز وجود دارد:

۱. نرم کردن، حل کردن، جذب کردن

پس از تشکیل ترومبوز، فیبرین موجود در آن مقدار زیادی پلاسمین جذب می‌کند، به این ترتیب فیبرین موجود در ترومبوز به یک پلی‌پپتید محلول تبدیل شده و حل می‌شود و ترومبوز نرم می‌شود. همزمان، به دلیل اینکه نوتروفیل‌های موجود در ترومبوز متلاشی شده و آنزیم‌های پروتئولیتیک آزاد می‌کنند، ترومبوز نیز می‌تواند حل و نرم شود.

لخته کوچک حل و مایع می‌شود و می‌تواند بدون اینکه اثری از خود باقی بگذارد، کاملاً جذب یا توسط جریان خون شسته شود.

بخش بزرگتر ترومبوز نرم شده و به راحتی توسط جریان خون جدا شده و به آمبولی تبدیل می‌شود. آمبولی‌ها رگ خونی مربوطه را با جریان خون مسدود می‌کنند که می‌تواند باعث آمبولی شود، در حالی که بخش باقی مانده باقی می‌ماند.

۲. مکانیزاسیون و کانالیزاسیون مجدد

لخته‌های بزرگتر به راحتی حل و به طور کامل جذب نمی‌شوند. معمولاً ظرف ۲ تا ۳ روز پس از تشکیل لخته، بافت گرانولاسیون از لایه داخلی عروقی آسیب‌دیده که لخته به آن متصل است، رشد می‌کند و به تدریج جایگزین لخته می‌شود که به آن سازماندهی لخته می‌گویند.
وقتی ترومبوز سازماندهی می‌شود، ترومبوز کوچک می‌شود یا تا حدی حل می‌شود و اغلب یک شکاف در داخل ترومبوز یا بین ترومبوز و دیواره رگ ایجاد می‌شود و سطح آن توسط سلول‌های اندوتلیال عروقی در حال تکثیر پوشیده می‌شود و در نهایت یک یا چند رگ خونی کوچک که با رگ خونی اصلی ارتباط برقرار می‌کنند، تشکیل می‌شود. بازکانالیزاسیون جریان خون، بازکانالیزاسیون ترومبوز نامیده می‌شود.

۳. کلسیفیکاسیون

تعداد کمی از لخته‌های خون که نمی‌توانند به طور کامل حل یا سازماندهی شوند، ممکن است توسط نمک‌های کلسیم رسوب کرده و کلسیفیه شوند و سنگ‌های سختی را که در رگ‌های خونی وجود دارند، به نام فلبولیت‌ها یا آرتریولیت‌ها تشکیل دهند.