Una vez formada la trombosis, su estructura cambia bajo la acción del sistema fibrinolítico y el choque del flujo sanguíneo y la regeneración del organismo.

Hay 3 tipos principales de cambios finales en un trombo:

1. Suavizar, disolver, absorber

Tras la formación del trombo, la fibrina que contiene absorbe una gran cantidad de plasmina, de modo que se convierte en un polipéptido soluble y se disuelve, ablandándolo. Al mismo tiempo, gracias a la desintegración de los neutrófilos y la liberación de enzimas proteolíticas, el trombo también se disuelve y ablanda.

El pequeño trombo se disuelve y se licúa, pudiendo ser absorbido o arrastrado completamente por el torrente sanguíneo sin dejar rastro.

La mayor parte del trombo se ablanda y se desprende fácilmente por el flujo sanguíneo, convirtiéndose en un émbolo. Los émbolos obstruyen el vaso sanguíneo correspondiente, lo que puede causar una embolia, mientras que la parte restante se organiza.

2. Mecanización y recanalización

Los trombos de mayor tamaño no se disuelven ni se absorben completamente con facilidad. Por lo general, entre 2 y 3 días después de su formación, el tejido de granulación crece a partir de la íntima vascular dañada, donde se adhiere el trombo, y lo reemplaza gradualmente, lo que se denomina organización trombológica.
Cuando el trombo se organiza, se contrae o se disuelve parcialmente, y a menudo se forma una fisura en su interior o entre este y la pared vascular. La superficie se cubre por la proliferación de células endoteliales vasculares, formándose finalmente uno o varios vasos sanguíneos pequeños que se comunican con el vaso sanguíneo original. La recanalización del flujo sanguíneo se denomina recanalización del trombo.

3. Calcificación

Una pequeña cantidad de trombos que no pueden disolverse u organizarse completamente pueden ser precipitados y calcificados por las sales de calcio, formando cálculos duros existentes en los vasos sanguíneos, llamados flebolitos o arteriolitos.