Μετά τον σχηματισμό της θρόμβωσης, η δομή της αλλάζει υπό τη δράση του ινωδολυτικού συστήματος και του σοκ ροής αίματος και της αναγέννησης του σώματος.

Υπάρχουν 3 κύριοι τύποι τελικών αλλαγών σε έναν θρόμβο:

1. Μαλακώστε, διαλύστε, απορροφήστε

Αφού σχηματιστεί ο θρόμβος, η ινώδης ουσία που περιέχει απορροφά μεγάλη ποσότητα πλασμίνης, έτσι ώστε η ινώδης ουσία στον θρόμβο να μετατρέπεται σε διαλυτό πολυπεπτίδιο και να διαλύεται, με αποτέλεσμα ο θρόμβος να μαλακώνει. Ταυτόχρονα, επειδή τα ουδετερόφιλα στον θρόμβο αποσυντίθενται και απελευθερώνουν πρωτεολυτικά ένζυμα, ο θρόμβος μπορεί επίσης να διαλυθεί και να μαλακώσει.

Ο μικρός θρόμβος διαλύεται και υγροποιείται και μπορεί να απορροφηθεί πλήρως ή να απομακρυνθεί από την κυκλοφορία του αίματος χωρίς να αφήσει ίχνη.

Το μεγαλύτερο μέρος του θρόμβου μαλακώνει και αποκολλάται εύκολα από τη ροή του αίματος και σχηματίζει έμβολο. Τα έμβολα φράζουν το αντίστοιχο αιμοφόρο αγγείο με τη ροή του αίματος, γεγονός που μπορεί να προκαλέσει εμβολή, ενώ το υπόλοιπο μέρος οργανώνεται.

2. Μηχανοποίηση και Επανακαναλοποίηση

Οι μεγαλύτεροι θρόμβοι δεν διαλύονται και δεν απορροφώνται εύκολα πλήρως. Συνήθως, εντός 2 έως 3 ημερών από τον σχηματισμό του θρόμβου, ο κοκκιώδης ιστός αναπτύσσεται από τον κατεστραμμένο αγγειακό έσω χιτώνα όπου προσκολλάται ο θρόμβος και σταδιακά αντικαθιστά τον θρόμβο, κάτι που ονομάζεται οργάνωση θρόμβου.
Όταν ο θρόμβος οργανώνεται, ο θρόμβος συρρικνώνεται ή διαλύεται μερικώς και συχνά σχηματίζεται μια ρωγμή μέσα στον θρόμβο ή μεταξύ του θρόμβου και του τοιχώματος του αγγείου, και η επιφάνεια καλύπτεται από πολλαπλασιαζόμενα αγγειακά ενδοθηλιακά κύτταρα και τελικά σχηματίζονται ένα ή περισσότερα μικρά αιμοφόρα αγγεία που επικοινωνούν με το αρχικό αιμοφόρο αγγείο. Η επανακαναλίωση της ροής του αίματος ονομάζεται επανακαναλίωση του θρόμβου.

3. Ασβεστοποίηση

Ένας μικρός αριθμός θρόμβων που δεν μπορούν να διαλυθούν ή να οργανωθούν πλήρως μπορεί να καθιζάνει και να ασβεστοποιηθεί από άλατα ασβεστίου, σχηματίζοντας σκληρές πέτρες που υπάρχουν στα αιμοφόρα αγγεία, που ονομάζονται φλεβολίθοι ή αρτηριόλιθοι.