Po vzniku trombózy se její struktura mění působením fibrinolytického systému a šoku v krevním oběhu a regenerací organismu.

Existují 3 hlavní typy konečných změn trombu:

1. Změkčit, rozpustit, absorbovat

Po vytvoření trombu fibrin v něm obsažený absorbuje velké množství plazminu, takže se fibrin v trombu stává rozpustným polypeptidem a rozpouští se, čímž trombus změkne. Zároveň, protože se neutrofily v trombu rozpadají a uvolňují proteolytické enzymy, může se trombus také rozpustit a změkčit.

Malý trombus se rozpustí a zkapalní a může být zcela absorbován nebo odplaven krevním oběhem bez zanechání stopy.

Větší část trombu změkne a proudem krve snadno odpadne a vytvoří embol. Emboly blokují odpovídající cévu, do které proudí krev, což může způsobit embolii, zatímco zbývající část se zorganizuje.

2. Mechanizace a rekanalizace

Větší tromby se obtížně rozpouštějí a zcela vstřebávají. Obvykle do 2 až 3 dnů po vzniku trombu vyroste z poškozené cévní intimy, kde je trombus připojen, granulační tkáň a postupně trombus nahrazuje, což se nazývá organizace trombu.
Když je trombus organizován, trombus se smrští nebo částečně rozpustí a uvnitř trombu nebo mezi trombem a stěnou cévy se často vytvoří trhlina, jejíž povrch je pokryt proliferujícími vaskulárními endoteliálními buňkami a nakonec se vytvoří jedna nebo několik malých cév, které komunikují s původní cévou. Rekanalizace průtoku krve se nazývá rekanalizace trombu.

3. Kalcifikace

Malé množství trombů, které nelze zcela rozpustit nebo uspořádat, se může vysrážet a kalcifikovat vápenatými solemi, čímž se v cévách vytvoří tvrdé kameny nazývané flebolity nebo arteriolity.