Nakon formiranja tromboze, njena struktura se mijenja pod djelovanjem fibrinolitičkog sistema i šoka protoka krvi te regeneracije tijela.

Postoje 3 glavne vrste konačnih promjena u trombu:

1. Omekšati, rastvoriti, upiti

Nakon što se trombus formira, fibrin u njemu apsorbira veliku količinu plazmina, tako da fibrin u trombu postaje topljivi polipeptid i rastvara se, a tromb omekšava. Istovremeno, budući da se neutrofili u trombu raspadaju i oslobađaju proteolitičke enzime, tromb se također može otopiti i omekšati.

Mali tromb se rastvara i pretvara u tečnost, te se može potpuno apsorbovati ili isprati krvotokom bez ostavljanja traga.

Veći dio tromba omekša i lako otpadne protokom krvi, pretvarajući se u embolus. Embolusi blokiraju odgovarajući krvni sud protokom krvi, što može uzrokovati emboliju, dok se preostali dio organizuje.

2. Mehanizacija i rekanalizacija

Veći trombi se ne rastvaraju i ne apsorbiraju lako u potpunosti. Obično, u roku od 2 do 3 dana nakon formiranja tromba, granulacijsko tkivo raste iz oštećene vaskularne intime gdje je tromb pričvršćen i postepeno zamjenjuje tromb, što se naziva organizacija tromba.
Kada se tromb organizuje, tromb se skuplja ili djelimično rastvara, te se često formira pukotina unutar tromba ili između tromba i zida krvnog suda, a površina je prekrivena proliferirajućim vaskularnim endotelnim ćelijama, te se na kraju formira jedan ili nekoliko malih krvnih sudova koji komuniciraju s izvornim krvnim sudom. Rekanalizacija protoka krvi naziva se rekanalizacija tromba.

3. Kalcifikacija

Mali broj tromba koji se ne mogu potpuno rastvoriti ili organizovati može se istaložiti i kalcificirati kalcijumskim solima, formirajući tvrde kamence u krvnim sudovima, koji se nazivaju fleboliti ili arterioliti.