بعد تشكل الخثرة، يتغير هيكلها تحت تأثير نظام تحلل الفيبرين وصدمة تدفق الدم وتجديد الجسم.

هناك ثلاثة أنواع رئيسية من التغيرات النهائية في الجلطة الدموية:

1. تليين، إذابة، امتصاص

بعد تكوّن الخثرة، يمتص الفيبرين الموجود فيها كمية كبيرة من البلازمين، مما يؤدي إلى تحوّله إلى عديد ببتيد قابل للذوبان وذوبانه، فتصبح الخثرة أكثر ليونة. وفي الوقت نفسه، وبسبب تفكك العدلات الموجودة في الخثرة وإطلاقها للإنزيمات المحللة للبروتين، تذوب الخثرة وتصبح أكثر ليونة.

تذوب الجلطة الصغيرة وتتحول إلى سائل، ويمكن امتصاصها بالكامل أو غسلها بواسطة مجرى الدم دون ترك أي أثر.

يلين الجزء الأكبر من الخثرة الدموية ويسقط بسهولة مع تدفق الدم ليتحول إلى جلطة. تسد الجلطات الأوعية الدموية المقابلة، مما قد يسبب انسداداً وعائياً، بينما يبقى الجزء المتبقي متماسكاً.

2. الميكنة وإعادة التوجيه

لا تذوب الخثرات الكبيرة بسهولة ولا تُمتص بالكامل. عادةً، في غضون يومين إلى ثلاثة أيام من تكوّن الخثرة، ينمو نسيج حبيبي من البطانة الوعائية المتضررة حيث تلتصق الخثرة، ويحل تدريجيًا محل الخثرة، وهو ما يُسمى بتنظيم الخثرة.
عندما تتشكل الخثرة، فإنها تنكمش أو تذوب جزئيًا، وغالبًا ما يتشكل شق داخلها أو بينها وبين جدار الوعاء الدموي، ويُغطى سطحها بخلايا بطانية وعائية متكاثرة، وفي النهاية تتشكل أوعية دموية صغيرة أو عدة أوعية تتصل بالوعاء الدموي الأصلي. وتُسمى إعادة تدفق الدم بإعادة فتح الخثرة.

3. التكلس

قد تترسب وتتكلس كمية صغيرة من الخثرات التي لا يمكن إذابتها أو تنظيمها بشكل كامل بواسطة أملاح الكالسيوم، مما يؤدي إلى تكوين حصوات صلبة موجودة في الأوعية الدموية، تسمى حصوات وريدية أو حصوات شريانية.