Trombozės šalinimo metodai apima medikamentinę trombolizę, intervencinę terapiją, chirurgiją ir kitus metodus. Rekomenduojama, kad pacientai, prižiūrimi gydytojo, pasirinktų tinkamą trombo šalinimo būdą pagal savo būklę, kad būtų pasiektas geresnis terapinis poveikis.

1. Medikamentinė trombolizė: gydymui gali būti taikoma veninė ar arterinė trombozė. Tačiau trombolizės laikui keliami tam tikri reikalavimai – ji turi būti atliekama ankstyvoje trombozės stadijoje. Arterinė trombozė paprastai turi įvykti per 6 valandas nuo jos pradžios, ir kuo anksčiau, tuo geriau, o veninė trombozė turi įvykti per 1–2 savaites nuo jos pradžios. Trombolizei gali būti parinkti tromboliziniai vaistai, tokie kaip urokinazė, rekombinantinė streptokinazė ir injekcinė alteplazė, o kai kurie pacientai gali ištirpinti trombą ir atkurti kraujagysles medikamentinės trombolizės būdu;

2. Intervencinė terapija: Arterijų trombozės, tokios kaip vainikinių arterijų trombozė, smegenų kraujagyslių trombozė ir kt., atveju stento implantacija gali būti naudojama kraujagyslėms rekanalizuoti, pagerinti širdies ir smegenų audinių aprūpinimą krauju ir sumažinti širdies bei smegenų audinių nekrozės mastą. Jei tai veninė trombozė, pavyzdžiui, apatinės galūnės giliųjų venų trombozė, galima implantuoti veninį filtrą. Filtro implantavimas paprastai skirtas tik plaučių embolijos komplikacijoms, kurias sukelia embolų išsiskyrimas, blokuoti ir negali visiškai pašalinti trombo. Trombas užpakalinėje venoje lieka;

3. Chirurginis gydymas: jis daugiausia naudojamas periferinių arterijų trombozei, pvz., apatinių galūnių arterijų trombozei, miego arterijų trombozei ir kt., gydyti. Kai šiose periferinėse stambiosiose kraujagyslėse susidaro trombas, chirurginė trombektomija gali būti naudojama trombui pašalinti iš arterinės kraujagyslės, atlaisvinti kraujagyslės užsikimšimą ir atkurti kraujo tiekimą į audinius, o tai taip pat yra veiksmingas trombų šalinimo metodas.