השיטות לחיסול פקקת כוללות טרומבוליזה תרופתית, טיפול התערבותי, ניתוח ושיטות נוספות. מומלץ למטופלים, בהנחיית רופא, לבחור דרך מתאימה לחיסול פקקת בהתאם למצבם האישי, על מנת להשיג אפקט טיפולי טוב יותר.

1. תרומבוליזה תרופתית: בין אם מדובר בפקקת ורידית או בפקקת עורקית, ניתן להשתמש בתרומבוליזה תרופתית לטיפול. עם זאת, ישנן דרישות מסוימות לזמן התרומבוליזה, שחייב להיות בשלב מוקדם של הפקקת. פקקת עורקית נדרשת בדרך כלל להתרחש תוך 6 שעות מהופעתה, וככל שמוקדם יותר כך ייטב, ופקקת ורידית נדרשת להתרחש תוך 1-2 שבועות מהופעתה. ניתן לבחור תרופות תרומבוליטיות כגון אורוקינאז, סטרפטוקינאז רקומביננטי ואלטפלז להזרקה לטיפול תרומבוליטי, וחלק מהמטופלים יכולים להמיס פקקת ולנתב מחדש את כלי הדם באמצעות תרומבוליזה תרופתית;

2. טיפול התערבותי: במקרה של פקקת עורקים, כגון פקקת עורקים כליליים, פקקת מוחית-וסקולרית וכו', ניתן להשתמש בהשתלת סטנט כדי לחדש את תיעול כלי הדם, לשפר את אספקת הדם לרקמת הלב והמוח, ולהפחית את היקף הנמק של רקמת הלב והמוח. אם מדובר בפקקת ורידית, כגון פקקת ורידים עמוקה של הגפה התחתונה, ניתן להשתיל מסנן ורידי. השתלת המסנן נועדה בדרך כלל רק לחסימת סיבוכי תסחיף ריאתי הנגרמים כתוצאה מהנשירת התסחיפים, ואינה יכולה להעלים לחלוטין את הפקקת. הפקקת בווריד האחורי נשארת;

3. טיפול כירורגי: משמש בעיקר לטיפול בפקקת בעורקים היקפיים, כגון פקקת בעורקי הגפיים התחתונות, פקקת בעורקי התרדמה וכו'. כאשר מתרחשת היווצרות פקקת בכלי הדם הגדולים ההיקפיים הללו, ניתן להשתמש בתרומבקטומיה כירורגית כדי להסיר את הפקקת מכלי הדם העורקי, להקל על החסימה של כלי הדם ולשקם את אספקת הדם לרקמה, וזו גם שיטה יעילה לחיסול פקקת.