הטיפול בפקקת הוא בדרך כלל שימוש בתרופות נוגדות פקקת, שיכולות להפעיל את הדם ולהסיר סטאזות דם. לאחר הטיפול, חולים עם פקקת זקוקים לאימוני שיקום. בדרך כלל, עליהם לחזק את האימונים לפני שיוכלו להחלים בהדרגה. מנוחה ארוכת טווח במיטה עלולה להוביל בקלות להחמרת בעיית הפקקת. יש צורך מאוד לחזק את הפעילות הגופנית לאחר הטיפול עקב חוסר היכולת לדאוג לעצמם בחיים, כאשר הם מרותקים למיטה.

מבחינת טיפול, כיום קיימות שלוש שיטות טיפול עיקריות.

1. טיפול טרומבוליטי. בשלב מוקדם של פקקת, הפקקת בעורק היא עדיין פקקת טרייה. אם ניתן להמיס את הפקקת ולבצע זרימת דם מחדש, זה יהיה אמצעי בסיסי לשיפור זרימת הדם, הגנה על תאים וקידום התאוששות תפקודית. אם אין התווית נגד לטיפול טרומבוליטי, ככל שהמתן מוקדם יותר, כך האפקט טוב יותר.

2, טיפול נוגד קרישה, למרות שרוב המחקרים הראו שטיפול נוגד קרישה בהפרין אינו אופטימי לגבי ההשפעה של איסכמיה מתקדמת, אך אוטם מתקדם נוכחי הוא אינדיקציה לטיפול נוגד קרישה חירום, דבר המקובל על רוב החוקרים. אם נקבע כי הגורמים הגורמים להתקדמות הם אוטם מוגדל ומחזור דם נלווה לקוי, טיפול בהפרין הוא עדיין הבחירה הראשונה, ושיטות הטיפול הן לרוב טפטוף תוך ורידי או הזרקה תת עורית של הפרין.

3. טיפול דילול הרחבת נפח, הרחבת נפח הדם צריכה להתבצע כאשר למטופל אין בצקת מוחית ברורה או אי ספיקת לב חמורה.