血栓は、その発生部位によって脳血栓症、下肢深部静脈血栓症、肺動脈血栓症、冠動脈血栓症などに分類されます。血栓が形成される部位によって、臨床症状も異なります。

1. 脳血栓症：症状は侵される動脈によって異なります。例えば、内頸動脈系が侵された場合、患者はしばしば片麻痺、患眼の失明、眠気、その他の精神症状に苦しみます。程度の差はあれ、失語症、失認、さらにはホルネル症候群（患側額の縮瞳、眼球陥凹、無汗症）を呈することもあります。椎骨脳底動脈が侵された場合、めまい、眼振、運動失調、さらには高熱、昏睡、縮瞳を伴うこともあります。

2. 下肢深部静脈血栓症：下肢の腫れや圧痛などの症状が一般的です。急性期には、皮膚が赤く熱を持ち、ひどく腫れ上がります。皮膚は紫色に変わり、体温が低下します。運動障害、跛行、激しい痛みを伴う場合もあります。歩行不能となることもあります。

3. 肺塞栓症：呼吸困難、胸痛、喀血、咳、動悸、失神などの症状が現れることがあります。高齢者の症状は非典型的で、目立った特異的な徴候がない場合があります。

4. 冠動脈血栓症：心筋虚血の程度によって症状も異なります。一般的な症状としては、胸骨後部の締め付け感や圧迫感、いわゆる狭心症などが挙げられます。呼吸困難、動悸、胸の圧迫感なども現れることがあり、時には死期が近いと感じることもあります。痛みは肩、背中、腕に放散することもあり、歯痛などの非定型的な症状を呈する患者もいます。