הגורמים לפקקת עשויים להיות כדלקמן:

1. ייתכן שזה קשור לפגיעה באנדותל, ותסמונת נוצרת על האנדותל של כלי הדם. לעיתים קרובות, עקב סיבות שונות של האנדותל, כגון כימיקלים, תרופות או אנדוטוקסינים, או פגיעה באנדותל הנגרמת על ידי רובד טרשתי וכו', נוצרת תסמונת באנדותל לאחר הפגיעה;

2. לדוגמה, קרישת דם, עלייה בפעילות טסיות הדם או הפרעה במנגנון קרישת הדם יכולים גם הם להוביל להיווצרות פקקת;

3. קצב זרימת הדם מואט או שנפח הדם יורד, וריכוז הדם עולה, מה שעלול גם להוביל להיווצרות פקקת, ולכן ישנן סיבות רבות להיווצרות פקקת;

4. בנוסף לסיבות שהוזכרו לעיל, הגורמים לפקקת כוללים גם פעילות מוגברת של המערכת הפיברינוליטית. בנוסף, ישנה עלייה במספר טסיות הדם, מה שעשוי להוביל למחלת טרומבוטיקה, כך שעדיין ישנן סיבות רבות.