Ο θρόμβος μπορεί να χωριστεί σε εγκεφαλική θρόμβωση, θρόμβωση βαθιάς φλέβας κάτω άκρων, θρόμβωση πνευμονικής αρτηρίας, θρόμβωση στεφανιαίας αρτηρίας κ.λπ. ανάλογα με την εντόπιση. Ο θρόμβος που σχηματίζεται σε διαφορετικές θέσεις μπορεί να προκαλέσει διαφορετικά κλινικά συμπτώματα.

1. Εγκεφαλική θρόμβωση: Τα συμπτώματα ποικίλλουν ανάλογα με την αρτηρία που εμπλέκεται. Για παράδειγμα, εάν εμπλέκεται το σύστημα της έσω καρωτίδας αρτηρίας, οι ασθενείς συχνά υποφέρουν από ημιπληγία, τύφλωση στο προσβεβλημένο μάτι, υπνηλία και άλλα ψυχικά συμπτώματα. Μπορεί να έχουν ποικίλους βαθμούς αφασίας, αγνωσίας, ακόμη και σύνδρομο Horner, δηλαδή μύση, ενοφθαλμία και ανίδρωση στην προσβεβλημένη πλευρά του μετώπου. Όταν εμπλέκεται η σπονδυλοβασική αρτηρία, μπορεί να εμφανιστεί ζάλη, νυσταγμός, αταξία, ακόμη και υψηλός πυρετός, κώμα και εντοπισμένη κόρη οφθαλμού.

2. Εν τω βάθει φλεβική θρόμβωση των κάτω άκρων: Τα συνήθη συμπτώματα περιλαμβάνουν πρήξιμο και ευαισθησία των κάτω άκρων. Στο οξύ στάδιο, το δέρμα γίνεται κόκκινο, ζεστό και πρησμένο έντονα. Το δέρμα γίνεται μωβ και η θερμοκρασία πέφτει. Ο ασθενής μπορεί να έχει κινητικά προβλήματα, να υποφέρει από χωλότητα ή να υποφέρει από έντονο πόνο. Δεν μπορεί να περπατήσει.

3. Πνευμονική εμβολή: Οι ασθενείς μπορεί να εμφανίσουν συμπτώματα όπως δύσπνοια, πόνο στο στήθος, αιμόπτυση, βήχα, αίσθημα παλμών, συγκοπή κ.λπ. Τα συμπτώματα στους ηλικιωμένους μπορεί να είναι άτυπα και να μην έχουν εξέχουσες συγκεκριμένες εκδηλώσεις.

4. Θρόμβωση στεφανιαίας αρτηρίας: Λόγω διαφορετικών βαθμών ισχαιμίας του μυοκαρδίου, οι εκδηλώσεις είναι επίσης ασυνεπείς. Τα συνηθισμένα συμπτώματα περιλαμβάνουν πόνο από σφίξιμο ή συμπίεση στο οπισθοστερνικό σύστημα, δηλαδή στηθάγχη. Μπορεί επίσης να εμφανιστούν δύσπνοια, αίσθημα παλμών, σφίξιμο στο στήθος κ.λπ., και περιστασιακά αίσθημα επικείμενου θανάτου. Ο πόνος μπορεί να αντανακλά στους ώμους, την πλάτη και τα χέρια, και ορισμένοι ασθενείς μπορεί ακόμη και να εμφανίσουν άτυπα συμπτώματα όπως πονόδοντο.